Irene kết hôn với Henrich của Phổ, người con thứ ba và con trai thứ hai của Hoàng đế Friedrich III của Đức và Victoria của Liên hiệp Anh, Vương nữ Vương thất vào ngày 24 tháng 5 năm 1888 tại nhà nguyện của Cung điện Charlottenburg ở Berlin. Vì mẹ của hai người là chị em nên Irene và Heinrch cũng là anh em họ.[9] Cuộc hôn nhân của hai người khiến bà ngoại của cả hai là Nữ vương Victoria không hài lòng vì nữ vương không được thông báo về mối quan hệ cho đến khi họ quyết định kết hôn.[10] Vào thời điểm diễn ra buổi lễ, người bác và bố chồng của Irene, Friedrich III đang trong cơn nguy tử vì bệnh ung thư vòm họng, và chưa đầy một tháng sau buổi lễ, người anh họ cũng như là anh chồng của Irene đã lên ngôi với trị hiệu là Wilhelm II. Mẹ của Heinrich, Hoàng thái hậu Victoria, rất yêu quý Irene. Tuy nhiên, Hoàng thái hậu Victoria đã sốc vì Irene không đội khăn choàng hay khăn quàng cổ để che đậy việc mang thai khi Irene mang thai đứa con trai đầu lòng là Vưng tôn Waldemar, người bị mắc bệnh máu khó đông, vào năm 1889. Thái hậu Victoria, người bị thu hút bởi chính trị và các sự kiện thời sự, cũng không hiểu tại sao Heinrich và Irene không bao giờ đọc báo.[11] Tuy nhiên, cặp đôi đã có một cuộc hôn nhân hạnh phúc và họ được họ hàng gọi là "Cặp đôi hòa nhã" [lower-alpha 1] vì tính cách dễ chịu. Irene và Heinrich có với nhau ba người con trai.